ثبت بیماریها یک سیستم سازمان یافته برای جمع آوری، ذخیره سازی، بازیابی، تجزیه و تحلیل و انتشار اطلاعات افراد مبتلا به یک بیماری خاص و یا در مواجهه با مواد شناخته شده و یا مشکوک به اثرات نامطلوب در یک جمعیت و گستره ی جغرافیایی مشخص است که از سال ۱۳۹۳ در دستور کار معاونت تحقیقات و فناوری وزارت بهداشت قرار گرفته است. اطلاعات جمع آوری شده از طریق این سامانه جهت مدیریت و سازماندهی بهتر بیماری و انجام تحقیقات استفاده میشود. ثبت بیماریها نقش موثری در تشخیص و اندازه گیری میزان گسترش یک بیماری خاص و یا یک رویداد بهداشتی در جامعه دارد و نظام بهداشتی را قادر می سازد بر کیفیت خدمات بهداشتی ارائه شده نظارت بهتر و موثرتری داشته باشد. ثبت بیماری همچنین منبع مناسبی برای تشخیص بیماران به منظور انجام مطالعات پژوهشی بعدی از قبیل مطالعات کوهورت و کار آزمایی بالینی فراهم می آورد.